Sant’Alberto nel XIV secolo era un paese di confine tra il Ducato di Ferrara, lo Stato pontificio, la bizantina Ravenna, Bologna e la Repubblica di Venezia, conteso attraverso numerose guerre.
All’epoca era completamente attraversato dal Po, i suoi abitanti si distribuivano da una parte e dall’altra degli argini, vivendo i ritmi e le stagioni del fiume.
Il Po di Primaro era a quel tempo totalmente navigabile dal Mare Adriatico fino alla città di Ferrara e per questo rappresentava una via di navigazione fondamentale per gli scambi commerciali fluviali, in particolare per il sale.
Proprio per questo, verso la metà del 1500, il duca di Ferrara decise di costruire a Sant’Alberto una Hostaria, attuale sede del museo, che rappresentasse l’avamposto ferrarese in terra romagnola, utile come luogo di sosta magazzino per le derrate di passaggio e probabilmente anche sede di un posto di guardia.
L’edificio rimase della famiglia estense fino alla caduta del Ducato di Ferrara nel 1598.
Nel 1688, dopo aver perso parte del prestigio ed essere stato declassato a osteria torno a godere di una buona fama come dimora gentilizia della famiglia Ravennate degli Spreti e tale rimase fino al 1885 con il declino della vecchia nobiltà Pontificia, il palazzo cominciò a essere indicato in maniera dispregiativa come il palazzone fino alla metà del 1900. Il suo uso fu di semplice abitazione popolare.
Nel 1970 venne acquistato dalla cooperativa agricola braccianti e dalla cooperativa muratori cementisti manovali che nel 1981 donarono il fabbricato al Comune di Ravenna con la precisa destinazione di museo della civiltà delle acque.
